12 января 2020 года Музею морского флота исполняется 60 лет.

История Музея началась 4 марта 1958 года, когда заместитель министра морского флота СССР Ю.В. Савинов подписал приказ № 60 «Об организации Выставки морского флота в г. Москве». Выставка разместилась в здании храма Успения Пресвятой Богородицы в Печатниках (ул. Сретенка, д. 3/27). Открывали экспозицию 12 января 1960 года министр морского флота СССР В.Г. Бакаев, главнокомандующий Военно-морским флотом СССР, адмирал флота С.Г. Горшков и советский исследователь Арктики, контр-адмирал И.Д. Папанин.

Выставка «Морской флот СССР» пользовалась большой популярностью у школьников, студентов, курсантов морских школ и училищ, специалистов и ветеранов морского флота. Экспонаты  Выставки занимали ведущее место в павильоне «Судостроение» на ВДНХ. В 1989 году Выставка была преобразована в музей «Морской флот СССР». В 1990 году Музей принял участие в международной выставке в Японии «Нагасаки. Путешествие-90».

В 1994–2012 годах постоянная экспозиция Музея была развернута в помещениях Морской школы ДОСААФ на улице Адмирала Макарова, д. 4. Распоряжением Правительства РФ от 05.01.2005 года № 4-р Музей включен в перечень федеральных государственных музеев РФ.

В 2012 году Музею передано здание в так называемом золотом музейном квартале Москвы на улице Большая Ордынка, д. 19, стр. 1, являющееся объектом культурного наследия. Часть помещений была отремонтирована, и в них в 2017 году открыта постоянно действующая экспозиция. Разработаны проекты реставрации и реконструкции всего комплекса, которые ждут своего воплощения.

На выставке Музея представлены уникальные экспонаты – подлинные предметы с ледокола «Ермак» и ледореза «Федор Литке», модели судов – от парусного шлюпа до современного атомного ледокола, масштабное полотно «Строительство морского порта», вещественные реликвии министров морского флота СССР В.Г. Бакаева и Т.Б. Гуженко и многое другое.

 В фондах Музея более 30 тысяч предметов: ценнейшая коллекция моделей судов, живописные полотна морской тематики, около 2 тысяч фотографий, 1,5 тысячи фото-носителей, более сотни фотоальбомов, уникальные книги Академии наук, Арктического и Антарктического научно-исследовательских институтов, более трех десятков атласов, 747 экземпляров исторического журнала «Морской сборник», издававшегося с 1841 года, предметы археологии, декоративно-прикладного искусства. Музей  обладает большой и разнообразной коллекцией якорей.

Наряду с постоянной экспозицией, в Музее проводятся временные выставки, иллюстрирующие яркие страницы истории морского и речного транспорта. С 2014 года по настоящее время подготовлено и проведено более 20 выездных выставок: в 2015–2016 с Музеем-панорамой «Бородинская битва» – «За доброй надеждой», в 2017–2018 – участие в международных выставках «Транспорт России», в 2019 «Транспорт России. Сквозь время – в будущее» с Государственным центральным музеем современной истории России, «Законъ. К истории транспорта России» в Государственной Думе РФ.

Музей и сегодня, как прежде, пользуется большой популярностью среди посетителей разных возрастных категорий москвичей, гостей столицы из России и других стран.